Az 1548-as magyar összeírásban már csak 4 portát említenek, viszont mind Lossonczy István tulajdonában volt. Az összeírásból azt is megtudhatjuk, hogy 2 bíró volt a faluban, 6 elhagyott ház állt, és a települést felégették a törökök és a portyázó magyar katonák. 1559-re az eredeti lakók közül csak Balás Máté és fiai maradtak meg a faluban, mindenki más meghalt vagy elmenekült, de 28 új lakó is érkezett családostul (az összeírás csak a felnőtt férfiakat számlálta). 1559-ben már 3511 akcse adót fizettek. Lossonczy István 1552-ben Temesváron hősi halált halt, Sipek Lossonczy felének új birtokosa a leánya, Anna (Balassi Bálint „Júliája”) lett. Az Országh család férfiágon Kristóffal halt ki 1567-ben, leányai révén Homonnay István, Nyáry Pál és enyingi Török Pál örökölték. Így 1570-re Sipek birtokosai a Forgách és a Nyáry család lettek.

A falut sokáig sújtotta a kettős adóztatás. 1563. augusztus 19-éről fennmaradt, hogy váltság címén jelentős összeget fizetett a falu Ibrahim bin Hasszánnak, Esztergom mizlivájának. 1564 augusztusában 22 238 akcse adót fizettek. A királyi kamarai adókivetésnek megfelelően 3 népes és 1 szegény ház után fizettek adót. 1570-ben újra magyar adószedők jártak a faluban, ekkor Balás Máté, a falu bírája esküje szerint 3 házhely volt a faluban. Balás Máté és Doman Péter leszármazottai ma is élnek a faluban.

A 16. század utolsó évtizedeiben a lakosság száma egyre csökkent a török hódoltság és a harcok miatt. 1593-94 folyamán a megye jelentős része felszabadult a török alól. 1596-ban az adóösszeírás alapján két egészházhelyes gazda és egy zsellér élt Sipeken.

A reformáció nem érintette a falut, lakói katolikusok maradtak gróf Forgách Zsigmondhoz hasonlóan. A századforduló körül rendeződött a település helyzete, 1606-ban a település 3 egész- és 3 félházhelyes gazdája évi 3 forint adót fizetett. 1609-ben Szécsény és a környék falvai lakatlanná váltak, a hegyek közt megbúvó Sipek azonban megmenekült. 1626-tól a vármegye déli részén egyre többet portyázott a török, 1647-re a falvak nagy részét sikerült behódoltatniuk, innentől a kettős adózás ismét sújtotta Sipeket. Erre az időre a Balás család itt élő tagjai, Gergely, György és Lukács más armalista nemesek. Rajtuk kívül itt élhetett az 1634-ben nemesi rangot kapott Balás Máté és testvérei is, ők azonban a törökök elől menekülhettek Heves vármegyébe, és nemességüket már ott hirdették ki.

A nehéz idők következtében Sipek lakossága ismét csökkent, 1661-ben már csak másfél adóköteles portáról esik említés. 1674-ben a váci egyházmegye összeírásakor még említik a lakókat, de Sipek nem sokkal ezután elnéptelenedett. 1682-ben az Ibrahim budai pasa vezette hadak Thököly Imre és I. Apafi Mihály seregeivel egyesülve elfoglalták Fülek várát, a vármegye elpusztult, a lakosság menekült. Sipek lakosai feltehetőleg Rimócra vagy Hont vármegyébe költöztek. Itt szintén létezett Sipek nevű település (ma Sipice).

1683-ban Sobieski lengyel király seregei a császári seregekkel együtt visszafoglalják Szécsényt, Sipek ekkor lakatlan. A törökök egyre inkább visszaszorultak. A császári hadakat a vármegye nemesei is segítették, köztük a Balás család is. 1688-ban megindult az újratelepülés, de az 1689-es adóösszeíráskor még nem vetnek ki adót Sipekre, feltehetőleg lakatlanul állt. Valamikor 1690 és 1698 közt települt újra, szinte kizárólag a Balás család tagjaival. Ez alatt a pár év leforgása alatt a család és vele a település gazdaságilag megerősödött – 1692-ben 42 dica, 1697-re már 80 és fél dica adót fizetett a falu. Még mindig a Nyáry és Forgács családok birtokában volt, de a Nyáry-részt teljesen, a Forgács-részt nagy részben a Balások művelték zálogban. A fő jövedelemforrás az állattenyésztés volt. 1728-ban a zsellércsaládok közt már Domány Pál háza népét is említik; a Domán család neve már az 1546-os török adóösszeírásban is szerepelt, ők a település másik legrégebbi lakói.

A Rákóczi-szabadságharc idején a vármegye Rákóczihoz csatlakozott. A hadjáratokat alaposan megsínylette a környék, a kuruc harcok végén leégett a falu és az 1686-ban a tornyistyai dűlőben épült első temploma is. Csak 1745-ben épült új templom a faluban, addig a rimóci római katolikus plébániához tartozott. Az esztergomi érsekség 1731-es összeírása szerint 186 lakója volt Sipeknek, 1755-ben pedig már 240.

1726-ban a Nyáry–Haller örökösöktől gróf Grassalkovich Antal vásárolta meg a falu felét, majd az 1635-ben nemesi címet szerzett Balásoknak birtokcserével adta át. 1848-ban már 727 lakója volt a falunak, s hamarosan Pulszky Ferenc tulajdonába került a Forgách birtok. 1871-ben kialakították a varsányi körjegyzőséget, ahová Sipek is tartozott Varsány, Rimóc, Nagylóc és Hollókő mellett. Az 1900-as évek elején dr. Gross Jenő megvásárolta a Pulszky-uradalmat, a Balás földekből 700 k.h. a hatvani Deutsch család birtokába, a falu központjában álló kúriával együtt 550 k.h. pedig a branyitskai Nagy család birtokába került.

Forrás:
Balás Kristóf: A sipeki Balás család (Adalékokkal Nógrádsipek és Cserhátszentiván helytörténetéhez) (kézirat, 2005.)